a) Le droit à la liberté religieuse inclut également le droit de ne croire en aucune religion, ce qui signifie que l’Église respecte aussi bien la position de l’athée (être assuré que Dieu n’existe pas) et de l’agnostique (être assuré qu’on ne peut savoir si Dieu existe).
b) La conception du respect qui est requise afin de comprendre le point (3) du schéma argumentatif est en partie nouvelle puisqu’elle implique que le respect des personnes n’est pleinement satisfait que si son groupe d’appartenance prioritaire est également respecté (nous y reviendrons, dans le texte de la lettre ouverte aux catholiques : I- Le difficile respect interreligieux : l’idée en partie nouvelle du respect des personnes et des groupes).
c) La science ne se prononce pas sur la question de l’existence ou de la non-existence de Dieu, de sorte que ni l’athée ni l’agnostique ne peuvent prétendre que la science leur donne complètement raison. Il en découle que la proposition de la lettre ouverte aux catholiques peut également être faite aux incroyants et qu’eux-mêmes devraient présenter leur position comme une proposition.
d) La conception moderne de la connaissance du réel se développe d’après le principe de la spécialisation disciplinaire, ce qui signifie que la science a son propre domaine d’étude, séparément de celui de la philosophie et de celui de la théologie. Pour des raisons qui sont expliquées ailleurs, les disciplines scientifiques sont éminemment impliquées dans ce qui est appelé ici « la Grande convergence » (cf. Manifeste pour une science sans séparation disciplinaire).